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(二)建立健全科技创新政策法规体系
强化法治保障。加强科技创新法规体系顶层设计，开展涉及科技创新的法规、规章的立改废释研究工作，促进科技创新地方立法。按照法定程序研究制定促进科技成果转移转化条例、张江国家自主创新示范区条例，修订科技进步条例。围绕促进中小企业发展、知识产权保护、科学技术普及等，开展立法研究。在创新实践迫切需要的领域，争取得到授权进行相关法规制度的先行先试。
健全政策体系。强化研究开发、科技成果转移转化、产业化等环节创新政策的衔接配套，推进科技、产业、财政、税收、金融、人才等各类政策的综合运用。加强创新产品、创新服务公共采购、商业化前采购和消费激励等需求侧政策的探索与应用。建立创新政策的跨部门协调机制和政策综合评价机制。
加强知识产权保护与运用。完善知识产权保护与运用的相关法规、制度，加快建立知识产权侵权查处快速反应机制，加快推进专利、商标、版权的知识产权“三合一”统一监管及执法体系改革。探索建立新业态、新模式中的知识产权保护办法，推进建立知识产权交易市场，形成完善的知识产权运营机制，建设亚太地区知识产权中心城市。
(三)完善科技创新财政投入机制
优化整合科技创新财政投入体系。根据具有全球影响力的科技创新中心建设目标、政府科技管理职能定位和科技创新客观规律，加强财政科技专项分类管理，建立基础前沿类、科技创新支撑类、技术创新引导类、科技人才与环境类、市级科技重大专项等科技专项，依托财政科技投入联动与统筹管理机制，加强各部门的创新投入与协同，提升财政科技投入的科学性和效益。
优化财政科技资金投入方式。重点支持市场不能有效配置资源的基础前沿、社会公益和重大共性关键技术研究等公共科技活动。探索机构式资助，优先保障张江综合性国家科学中心和若干重大创新功能型平台建设，以及本市重大战略项目实施和重大基础工程布局。吸引社会资本参与投资，形成风险收益共担机制。探索风险补偿、后补助、创业投资引导基金、天使投资引导基金、税收激励等多样化的创新支持方式，充分发挥财政资金的杠杆效应。
完善财政科技计划项目组织实施机制。充分发挥企业在技术创新决策、研发投入、科研组织、成果转化等方面的创新主体作用，形成由市场选择产业技术路线、研发资金配置方向和研发主体的产业技术创新项目组织实施机制。尊重高等院校、科研院所的科研自主权，发挥其在基础研究与应用研究中的主体作用，加快形成围绕产业链部署创新链，围绕创新链完善资金链的良好局面。
完善财政科技投入管理机制。建立公开统一的科技管理平台，统筹衔接基础研究、应用开发、成果转化、产业发展等各环节科技创新工作。转变政府管理职能，逐步实现依托专业机构管理科研项目，发挥第三方专业机构在科研项目遴选、项目过程管理、绩效评价与监督中的作用。探索符合科技创新规律的预算和财务管理办法，进一步完善科技经费使用法人负责制，加大项目绩效评估和资金监管力度，完善机构信用评价和管理体系，逐步实现财政科技投入绩效评价结果与后续投入挂钩。
(四)深化推进科研院所分类改革
优化科研院所分类管理和服务。坚持“遵循规律、强化激励、合理分工、分类改革”的基本原则，逐步建立现代院所治理体系。进一步强化基础性、前沿性、公益性科研院所的公共属性，增加公共科技供给。在保持市场化改革的前提下，积极引导转制科研院所承担公共服务职能。加强联动沟通，充分发挥中央在沪科研院所在科技创新中心建设中的作用。支持建设一批符合市场规律、贯通创新链、衔接产业链的新型研发机构。
支持科研院所构建“价值观引领、章程式管理、机构式资助、第三方评估”机制。引导各类科研院所增强使命意识，推行章程式管理模式，鼓励事业类科研院所探索理事会制度，推进编制管理、人员聘用、职称评定、薪酬分配等管理创新。推行机构式资助改革，提高机构的管理自主权，并强化第三方评估机制。
探索建立科研院所联盟。面向国家战略和本市重大发展需求，探索建立上海科研院所联盟，统筹配置相关创新资源，组织科研院所重点开展跨学科、跨行业的应用技术研发和产业共性技术集成创新，跟踪国内外前沿技术，开展战略性研究，打造科研院所跨界合作与协同创新的重要枢纽平台。
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